Inconvénients physiques

La sur-ovulation de la femme fatigue son corps. Les traitements de pré-ménopause dérèglent son cycle. L'IA est moins fatigante pour la femme que la FIV. Une augmentation du risque de cancer de l'ovaire due aux stimulations n'est pas établie mais ne peut être écartée.

Difficultés psychologiques

La première difficulté vient du diagnostic d'infécondité qui survient après l'éprouvant bilan médical. De nombreuses études mettent en évidence des traits dépressifs et anxieux. C'est surtout la femme qui en pâtit le plus au vu de son statut de patiente, quand bien même la stérilité viendrait de l'homme. Les traitements médicaux de la femme influent sur ses hormones, et par là sur son caractère. Le couple est fortement bouleversé par ces changements. Les grossesses obtenues sont plus fragiles que des grossesses normales et entraînent une anxiété importante. L'attente, suivie d'espoirs souvent déçus, crée une dépendance affective. Le désir d'enfant peut devenir un besoin d'enfant. Toute l'attention de la femme est affectée aux traitements, ponctions et transferts durant toute la durée des traitements, qui peuvent durer plusieurs années.

Inconvénients amoureux

Le couple est très fortement balloté : rapports sexuels exigés à certains moments inopportuns, ou interdits aux meilleurs moments. Décalage entre l'homme et la femme : la femme étant très sollicitée par les médecins et l'homme très peu. Dégoût des rapports sexuels fréquents. Taux de séparation du couple très important.[réf. nécessaire]

Inconvénients sociaux

Les piqûres et examens ont souvent lieu le matin. D'où retards fréquents au travail. Sans compter les inconvénients au travail des effets des traitements. Pour cela, beaucoup de femmes démissionnent ou se mettent en année sabbatique.

Inconvénients sur le fœtus

L'enfant, né d'une procréation médicale assistée, a un risque légèrement majoré d'être porteur de malformations à la naissance (6,7% au lieu de 6% pour un couple hypofertile concevant naturellement et 5% pour un couple sans problème connu d'infertilité. Ces chiffres ne doivent pas cacher que la très grande majorité des enfants sont strictement normaux) souvent peu graves. Il n'est pas clair si ce risque est imputable au traitement de l'infertilité ou à l'infertilité elle-même.